民國五十四年，花蓮縣政府為實現縣辦初中之目標，派吳水雲先生籌設花蓮市第一縣立初中。次年三月經台灣省政府核准成立，是為本校之前身。民國五十七年政府實施九年國民義務教育，本校奉命易名為「花蓮縣立美崙國民中學」至今。 本校校地都六甲有餘，皆為海砂地質，初創時，不但怪石嶙峋，荊棘叢生，每逢冬季東北季風襲來，更是飛砂走石，疾呼狂嘯。其間歷經首任吳水雲校長、六十二年二月接任的劉國光校長、六十九年三月繼任的江耀坤校長、七十二年八月接掌的曾慶裕校長等，率全體師生胼手胝足，克難經營有成。八十一年八月洪富盛校長接續第五任校長後，八十四年、八十五年爭取中央經費上億，做校舍改建之設計。八十五年八月第六任吳慶佳校長接掌
